No es muy conocido el inmenso volumen de documentación que el imperio español generó a lo largo de su historia. A veces por desconocimiento y a veces por interés, muchos documentos han sido obviados, centrando la historiografía en un reducido número. La presencia indígena nunca fue omitida por la Corona española, que trató de integrarlos a la hispanidad como sus súbditos, esto requirió de la promulgación de leyes, reglamentos y ordenanzas que, a su vez, generaron un corpus documental digno de la más alta burocracia que los tiempos hayan visto.

Al inicio de la población española de la frontera norte, los presidios se establecían en un punto cercano a las misiones, un lugar próximo desde el que poder auxiliar rápidamente en caso de necesidad. Aunque los frailes nunca aceptaron la interferencia militar en sus establecimientos y esta se reducía a un soldado o a lo sumo dos, que vivían dentro de los muros de la misión a los que se denominaba mayordomos.

Esta política de misiones y presidios fue un éxito en la consolidación de los territorios próximos a la Ciudad de México, pero cuando el sistema expandió su red hacia el norte se inició el contacto con naciones indias menos civilizadas, mucho más agresivas y activas, que causaron enormes problemas al crecimiento de la Nueva España. Problemas que alcanzarían su máximo al norte del río Grande con los apaches, quienes frenaron totalmente dicha expansión. Durante la segunda mitad del siglo XVIII el único progreso territorial se produjo en la Alta California, precisamente donde los apaches no tenían presencia.